基于矩阵图谱表达法的蛋白质序列的相似性分析

计算机工程与应用 ›› 2011, Vol. 47 ›› Issue (7): 222-225.

基于矩阵图谱表达法的蛋白质序列的相似性分析

赵静静1，齐斌1，2，王寒冰1，唐旭清1

1.江南大学理学院，江苏无锡 214122
2.无锡职业技术学院，江苏无锡 214122

收稿日期:1900-01-01 修回日期:1900-01-01 出版日期:2011-03-01 发布日期:2011-03-01

Similarity analysis of protein sequences based on matrix graphical representation

ZHAO Jingjing1，QI Bin1，2，WANG Hanbing1，TANG Xuqing1

1.School of Science，Jiangnan University，Wuxi，Jiangsu 214122，China
2.Wuxi Institute of Technology，Wuxi，Jiangsu 214122，China

Received:1900-01-01 Revised:1900-01-01 Online:2011-03-01 Published:2011-03-01

摘要/Abstract

摘要： 在DNA序列的混沌游走方法（CGR）及DNA序列的4线图谱表达方法（4-LGR）的基础上，提出了一种新型DNA序列的表达方法—矩阵图谱表达法（MGR），并进一步，在DNA序列的上述三种表达式基础上，分别推广建立了基于经典HP模型的蛋白质序列的图谱表达法，对蛋白质序列的相似性进行了比较验证。研究表明：矩阵图谱表达方法不仅能够说明蛋白质序列间的相似性，而且与传统的方法相比，该方法更具有灵活性和变通性。

关键词: 经典HP模型, 混沌游走表达, 4线图谱表达, 矩阵图谱表达

Abstract: Based on the Chaos Game Representation method（CGR） of DNA sequences and 4 Line Graphical Representation method（4-LGR） of DNA sequences，a novel graphical representation method of DNA sequences—Matrix Graphical Representation（MGR） is proposed.Based on the above three kinds of DNA sequences model，graphical representation of protein sequences is extended based on the detailed HP model respectively.The similarity of protein sequences is compared.The research shows that the method can illustrate the similarity of protein sequences，and is more flexible compared with the traditional method.

Key words: the detailed Hpmodel, Chaos Game Representation（CGR）, 4 Line Graphical Representation method（4-LGR）, Matrix Graphical Representation（MGR）

赵静静1，齐斌1，2，王寒冰1，唐旭清1. 基于矩阵图谱表达法的蛋白质序列的相似性分析[J]. 计算机工程与应用, 2011, 47(7): 222-225.

ZHAO Jingjing1，QI Bin1，2，WANG Hanbing1，TANG Xuqing1. Similarity analysis of protein sequences based on matrix graphical representation[J]. Computer Engineering and Applications, 2011, 47(7): 222-225.