蛋白质交互网络模块化的数据分析

doi:10.3778/j.issn.1002-8331.2010.33.012

计算机工程与应用 ›› 2010, Vol. 46 ›› Issue (33): 43-45.DOI: 10.3778/j.issn.1002-8331.2010.33.012

蛋白质交互网络模块化的数据分析

刁洪祥^1，2，肖健³，陈义明¹

1.湖南农业大学信息科学技术学院，长沙 410128
2.国防科学技术大学计算机学院，长沙 410073
3.湖南农业大学图书馆，长沙 410128

收稿日期:2009-04-28 修回日期:2009-06-15 出版日期:2010-11-21 发布日期:2010-11-21
通讯作者: 刁洪祥

Data analysis of protein interaction network modularization

DIAO Hong-xiang^1，2，XIAO Jian³，CHEN Yi-ming¹

1.Information Science and Technology Institute，Hunan Agricultural University，Changsha 410128，China
2.School of Computer Science，National University of Defense Technology，Changsha 410073，China
3.Library of Hunan Agricultural University，Changsha 410128，China

Received:2009-04-28 Revised:2009-06-15 Online:2010-11-21 Published:2010-11-21
Contact: DIAO Hong-xiang

摘要/Abstract

摘要： 生物网络的模块化是生物系统鲁棒性的一个基本前提。首先根据已有的算法分析改进了经典的谱方法，提出了一个提高模块化方法分辨率的策略。采用不同来源的蛋白质网络来计算地分析网络的模块化属性，发现尽管这些蛋白质网络都展现了较高的模块化程度，但模块化的程度受到数据来源的影响。同时还发现基因在全基因组复制以后，会倾向于在同一个模块中出现，这说明复制基因功能不会产生特别大的差异，使得当删除一个复制基因时，模块内的另一个复制基因会有功能的补偿。

关键词: 蛋白质交互网络, 模块化, 谱方法

Abstract: Modularization of biological network is a basic premise of biological systems robustness.First of all，this paper improves the classic method of spectrum based on the analysis of existing algorithms，and brings forward a strategy to enhance resolution of the modular approach.This paper uses different sources of protein network analysis to calculate property of network modularization，and finds the extent of the modularization is influenced by data source，despite these protein networks show a high degree of modularization.This paper also finds that the gene tends to be in the same module after the genome-wide copy，which shows that gene copy doesn’t produce large differences in particular.When a gene copy is deleted，another gene copy should do the compensation function in the module.

Key words: protein interaction network, modularization, method of spectrum

中图分类号:

TP274

刁洪祥^1，2，肖健³，陈义明¹. 蛋白质交互网络模块化的数据分析[J]. 计算机工程与应用, 2010, 46(33): 43-45.

DIAO Hong-xiang^1，2，XIAO Jian³，CHEN Yi-ming¹. Data analysis of protein interaction network modularization[J]. Computer Engineering and Applications, 2010, 46(33): 43-45.

[1]	赵宇，马太虎，马俊杰. 新型C MEX函数设计MMC整流器控制软件研究[J]. 计算机工程与应用, 2018, 54(4): 225-230.
[2]	高健1，2，3，薛巍1，2，3，杨广文1，2，3. 气候系统模式不确定分析工作流执行平台[J]. 计算机工程与应用, 2017, 53(6): 46-50.
[3]	冯华丽1，刘渊2. M2DPCA与CCLDA相结合的人脸识别[J]. 计算机工程与应用, 2014, 50(12): 129-132.
[4]	闵涛，任菊成，邢星. Laguerre谱方法在地震勘探中的应用[J]. 计算机工程与应用, 2014, 50(12): 252-256.
[5]	戴飞1，2，陈秀宏1. 一种M2DPCA和NSA相结合的人脸识别方法[J]. 计算机工程与应用, 2012, 48(5): 174-176.
[6]	肖红林1，2，王连生3. 基于MPI的伪谱法DNS并行计算方法研究[J]. 计算机工程与应用, 2012, 48(4): 54-55.
[7]	丁德武1，黄海生1，吴璞1，王汝传2. 基于极端途径的生化网络模块化分析[J]. 计算机工程与应用, 2011, 47(33): 120-122.
[8]	侯莹1，李凤岐1，牛纪桢2，姜厚云1. 关系模式到模块化的XML Schema的模型映射方法[J]. 计算机工程与应用, 2011, 47(12): 122-125.
[9]	丁德武¹，黄海生¹，吴璞¹，王汝传². Petri网在代谢网络模块化分析中的应用[J]. 计算机工程与应用, 2010, 46(33): 218-220.
[10]	曾宪华¹，罗四维². 全局保持的流形学习算法对比研究[J]. 计算机工程与应用, 2010, 46(15): 1-6.
[11]	曹成涛^1，2，郭庚麒^1，2，徐建闽¹. 智能交通信号机的设计及其实现[J]. 计算机工程与应用, 2010, 46(12): 68-71.
[12]	梁国龙，何昕，魏仲慧，王军. PCIE数据采集系统的驱动程序开发[J]. 计算机工程与应用, 2009, 45(31): 63-65.
[13]	肖红林,罗纪生. 基于MPI的伪谱法大涡模拟并行计算的研究[J]. 计算机工程与应用, 2009, 45(3): 242-244.
[14]	丁元明^1，2，王甲凯². 模块化模型功率放大器的自适应预失真[J]. 计算机工程与应用, 2009, 45(29): 114-117.
[15]	赵凯辉. NAT-PT翻译网关在Click模块化软件路由器中的实现[J]. 计算机工程与应用, 2007, 43(3期): 125-125.

蛋白质交互网络模块化的数据分析

Data analysis of protein interaction network modularization

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics