基因序列Z曲线的生成和显示

doi:10.3778/j.issn.1002-8331.2009.02.066

计算机工程与应用 ›› 2009, Vol. 45 ›› Issue (2): 229-232.DOI: 10.3778/j.issn.1002-8331.2009.02.066

基因序列Z曲线的生成和显示

徐永安,沈玲玲,刘毓,陈熔

扬州大学信息工程学院，江苏扬州 225009

收稿日期:2007-12-29 修回日期:2008-03-20 出版日期:2009-01-11 发布日期:2009-01-11
通讯作者: 徐永安

Generation and display of gene sequences’Z curves

XU Yong-an,SHEN Ling-ling,LIU Yu,CHEN Rong

College of Information Engineering，Yangzhou University，Yangzhou，Jiangsu 225009，China

Received:2007-12-29 Revised:2008-03-20 Online:2009-01-11 Published:2009-01-11
Contact: XU Yong-an

摘要/Abstract

摘要： DNA序列是生物遗传信息的载体。基因序列的Z曲线可以将字符表示的基因序列转换为直观的空间曲线，利用人脑对图形图像的理解能力，提高基因序列判别的效率和准确度。为方便观察基因序列的整体特性，采用基于点序的包围盒采样方法生成不同密度的序列点集，用非均匀B样条拟合Z曲线，得到空间Z曲线及其在XOY、YOZ、XOZ三个面上的二维投影，为基因序列的分析、对比提供直观方便的工具。

关键词: 基因, 多分辨率, Z曲线

Abstract: DNA gene sequences are the carriers of biologic genetic information.Z curves of gene sequences can change character sequences into visual geometrical curves.The comprehensive capability of brain in vision can improve the efficiency and accuracy of judging genetic sequences.In order to observe the entire features of genetic sequences conveniently，a contained box sampling method based on point sequences is adopted to produce sequences of different densities point set.Multi-resolution Z curves are fitted by non-uniform B spline and projected onto XOY，YOZ and XOZ planes.These curves are convenient to analyzing and comparing genetic sequences.

Key words: gene, multi-resolution, Z curve

徐永安,沈玲玲,刘毓,陈熔. 基因序列Z曲线的生成和显示[J]. 计算机工程与应用, 2009, 45(2): 229-232.

XU Yong-an,SHEN Ling-ling,LIU Yu,CHEN Rong. Generation and display of gene sequences’Z curves[J]. Computer Engineering and Applications, 2009, 45(2): 229-232.

[1]	张越，黄友锐，刘鹏坤. 引入注意力机制的多分辨率人体姿态估计研究[J]. 计算机工程与应用, 2021, 57(8): 126-132.
[2]	刘文芬，穆晓东，黄月华. 基于多分辨率网格的异常检测方法[J]. 计算机工程与应用, 2020, 56(17): 78-85.
[3]	刘超，吴申，郑一超，侯维岩. 基于深度森林和DNA甲基化的癌症分类研究[J]. 计算机工程与应用, 2020, 56(13): 189-193.
[4]	张晓婷，何朗，黄樟灿，谈庆. 基于MFR-GEP的高阶常微分方程预测模型[J]. 计算机工程与应用, 2019, 55(21): 247-253.
[5]	陈佳瑜，李梁，罗云. 采用多样性选择的量子粒子群双向聚类算法[J]. 计算机工程与应用, 2018, 54(9): 42-46.
[6]	邵元，夏士雄，姚睿，牛强. 多分辨率最小障碍与梯度融合显著性检测算法[J]. 计算机工程与应用, 2018, 54(4): 17-24.
[7]	郭勇1，张国锋1，刘丽萍2. 基因沉默机制的基因表达式编程[J]. 计算机工程与应用, 2018, 54(23): 131-136.
[8]	崔未，王卫华，黄樟灿，谈庆. 基于GEP算法的高阶常微分方程预测模型[J]. 计算机工程与应用, 2018, 54(18): 256-262.
[9]	孟安波，林艺城. 基因编辑差分算法在多燃料经济调度中的应用[J]. 计算机工程与应用, 2018, 54(15): 221-228.
[10]	徐庆征1，杨恒1，王娜1，伍国华2，江巧永3. 多因子进化算法研究进展[J]. 计算机工程与应用, 2018, 54(11): 15-20.
[11]	汶晨光，苟秉宸，吴林健，马炜琳. 基于眼动分析的文化设计基因提取与应用研究[J]. 计算机工程与应用, 2018, 54(11): 217-224.
[12]	刘洋，邓木清，王聪. 心电ST-T段的截取算法与系统实现[J]. 计算机工程与应用, 2017, 53(22): 258-263.
[13]	孙志伟，单渊博，蔡润身，王林. 快速的致病基因分析方法[J]. 计算机工程与应用, 2017, 53(17): 47-52.
[14]	闫怀鑫，王瑜，张娜. 基于多尺度多分辨率局部边缘模式的边缘检测[J]. 计算机工程与应用, 2017, 53(14): 198-202.
[15]	蔡蓉，钱东，王丹丹，朱平. 一种兼具生物和物理特征的E基因签名方法#br# ——以p53家族基因为例[J]. 计算机工程与应用, 2017, 53(13): 155-159.

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Generation and display of gene sequences’Z curves

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