基于Gillespie算法的生化随机Petri网演化分析

计算机工程与应用 ›› 2013, Vol. 49 ›› Issue (20): 52-54.

基于Gillespie算法的生化随机Petri网演化分析

丁德武

池州学院数学与计算机科学系，安徽池州 247000

出版日期:2013-10-15 发布日期:2013-10-30

Modeling evolution of biochemical stochastic Petri nets using Gillespie algorithm

DING Dewu

Department of Mathematics and Computer Science, Chizhou College, Chizhou, Anhui 247000, China

Online:2013-10-15 Published:2013-10-30

摘要/Abstract

摘要： Petri网既有严格的数学表达方式，又有直观的图形描述形式，是当前生物化学系统模拟和定性分析的一个有力工具。作为标准Petri网的一个重要扩展，随机Petri网使得可以定量地分析生物化学系统。建立了两个典型的生物化学系统的随机Petri网模型：Schlogl系统和转录调控系统，并使用Gillespie随机仿真算法模拟了这些生化随机Petri网模型的状态演化。

关键词: Gillespie算法, 随机Petri网, 生化网络

Abstract: Petri nets have rigorous mathematical formulation and intuitive graphical expression. It is a powerful tool for the biochemical system simulation and qualitative analysis. As an important extension of standard Petri nets, stochastic Petri nets allow it to quantitatively analyze the state of biochemical systems. It establishes biochemical stochastic Petri net models for the following systems：Schlogl system and transcriptional regulation system, then uses the Gillespie algorithm, it simulates the evolution of the state of these biochemical stochastic Petri net models.

Key words: Gillespie algorithm, stochastic Petri nets, biochemical network

丁德武. 基于Gillespie算法的生化随机Petri网演化分析[J]. 计算机工程与应用, 2013, 49(20): 52-54.

DING Dewu. Modeling evolution of biochemical stochastic Petri nets using Gillespie algorithm[J]. Computer Engineering and Applications, 2013, 49(20): 52-54.

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