改进的免疫粒子群优化算法预测RNA二级结构

计算机工程与应用 ›› 2012, Vol. 48 ›› Issue (1): 40-43.

改进的免疫粒子群优化算法预测RNA二级结构

林娟，钟一文

福建农林大学计算机与信息学院，福州 350002

收稿日期:1900-01-01 修回日期:1900-01-01 出版日期:2012-01-01 发布日期:2012-01-01

Improved immune particle swarm optimization algorithm for RNA secondary structure prediction

LIN Juan, ZHONG Yiwen

College of Computer and Information, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, China

Received:1900-01-01 Revised:1900-01-01 Online:2012-01-01 Published:2012-01-01

摘要/Abstract

摘要： 针对RNA二级结构预测问题，在SetPSO算法的基础上提出了一种改进的免疫粒子群优化算法，根据RNA折叠的特点，启用免疫记忆算子增加粒子群多样性，有效防止了原方法易陷入局部最优的缺陷。仿真结果表明改进算法能在更短的时间内达到更高的预测精度。

关键词: 核糖核酸（RNA）二级结构预测, 粒子群优化, 免疫记忆算子

Abstract: Based on SetPSO algorithm, an improved immune particle swarm optimization algorithm is designed for the RNA secondary prediction problem. The SetPSO algorithm is easy to fall into local optimum. According to the characteristics of RNA folding, an immune memory operator is used to tackle this shortage and increase the diversity of particle swarm. Simulation results show that the improved algorithm can get better prediction accuracy in shorter time.

Key words: Ribonucleic Acid（RNA） secondary structure prediction, particle swarm optimization, immune memory operator

林娟，钟一文

. 改进的免疫粒子群优化算法预测RNA二级结构[J]. 计算机工程与应用, 2012, 48(1): 40-43.

LIN Juan, ZHONG Yiwen. Improved immune particle swarm optimization algorithm for RNA secondary structure prediction[J]. Computer Engineering and Applications, 2012, 48(1): 40-43.

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