基于Bayes推断的基因芯片探针特异性估计模型

计算机工程与应用 ›› 2007, Vol. 43 ›› Issue (24): 100-103.

基于Bayes推断的基因芯片探针特异性估计模型

彭柳^1,2，冯圣中¹

1.中国科学院计算技术研究所国家智能计算机研究开发中心中国科学院计算机系统结构重点实验室，北京100080
2.中国科学院研究生院，北京100039

收稿日期:1900-01-01 修回日期:1900-01-01 出版日期:2007-08-21 发布日期:2007-08-21
通讯作者: 彭柳

Probe specificity estimation model based on Bayes theory

PENG Liu^1,2，FENG Sheng-zhong¹

1.Institute of Computing Technology，Chinese Academy of Sciences，Beijing 100080，China
2.Graduate School of Chinese Academy of Sciences，Beijing 100039，China

Received:1900-01-01 Revised:1900-01-01 Online:2007-08-21 Published:2007-08-21
Contact: PENG Liu

摘要/Abstract

摘要： 序列相似性计算是生物信息处理中的基本问题。针对基因芯片设计中的特异性评价问题，基于Bayes推断，建立了DNA序列快速估计算法，该算法不需要序列联配（alignment-free），性能好于广泛应用的相似性计算工具，可以大幅提高基因芯片设计性能。

关键词: 探针设计, 序列相似性估计, 贝叶斯推断, 特异性

Abstract: Sequence similarity is one of the pivotal problems in field of bioinformatics.This paper proposes a fast DNA sequence similarity estimation method based on Bayes theory. The algorithm is alignent-free，outperformances current similarity alignment algorithms，and can greatly improve the performance of Gen Chip design.

Key words: probe design, sequence similarity estimation, Bayes theory, specificity

彭柳^1,2，冯圣中¹. 基于Bayes推断的基因芯片探针特异性估计模型[J]. 计算机工程与应用, 2007, 43(24): 100-103.

PENG Liu^1,2，FENG Sheng-zhong¹. Probe specificity estimation model based on Bayes theory[J]. Computer Engineering and Applications, 2007, 43(24): 100-103.

[1]	汤亚东1，谢鹭2，陈兰明1. 改进CKSAAP结合RFE算法预测蛋白质棕榈酰化位点[J]. 计算机工程与应用, 2019, 55(5): 143-148.
[2]	刘太岗，王春华. 基于SVM-RFE算法的凋亡蛋白亚细胞定位预测[J]. 计算机工程与应用, 2017, 53(10): 155-159.
[3]	李小苇1，刘太岗2，陶珮莹1，王春华2. 基于ACC变换和RFE算法的蛋白质亚核定位预测[J]. 计算机工程与应用, 2016, 52(15): 83-87.
[4]	石大宏，何雪. 序列蛋白质-GDP绑定位点预测[J]. 计算机工程与应用, 2016, 52(13): 55-59.
[5]	陈金广1，2，张芬1，马丽丽1. 一种证据不确定性度量方法及其应用[J]. 计算机工程与应用, 2015, 51(23): 48-53.
[6]	杜小翔,钱红兵. 基于先验贝叶斯推断验证法的高可靠性评估[J]. 计算机工程与应用, 2008, 44(33): 73-75.
[7]	张凯,肖建华,耿修堂,邵泽辉. 基于汉明距离的DNA编码约束研究[J]. 计算机工程与应用, 2008, 44(14): 24-26.