利用蛋白质的二面角序列对蛋白质结构比对

doi:10.3778/j.issn.1002-8331.2009.32.002

计算机工程与应用 ›› 2009, Vol. 45 ›› Issue (32): 5-8.DOI: 10.3778/j.issn.1002-8331.2009.32.002

利用蛋白质的二面角序列对蛋白质结构比对

高建召，胡刚，王奎，崔家峰

南开大学数学科学学院与LPMC，天津 300071

收稿日期:2009-08-05 修回日期:2009-09-15 出版日期:2009-11-11 发布日期:2009-11-11
通讯作者: 高建召

Using dihedral angle series of protein for protein structure comparison

GAO Jian-zhao，HU Gang，WANG Kui，CUI Jia-feng

School of Mathematical Sciences and LPMC，Nankai University，Tianjin 300071，China

Received:2009-08-05 Revised:2009-09-15 Online:2009-11-11 Published:2009-11-11
Contact: GAO Jian-zhao

摘要/Abstract

摘要： 蛋白质结构比对对理解蛋白质功能和进化关系非常重要。提出一种基于蛋白质残基的二面角的结构比对算法。通过动态时间规整算法比对二面角序列，来比较蛋白质的结构，拟合两蛋白结构距离的分布后，利用p-value来评价比对的好坏。主要结果有：利用动态时间规整算法计算得出的结构距离是一个很好的蛋白质结构相似性度量；结构距离服从参数为μ=94.769 7，σ=41.583 7，ξ=0.192 5的广义的极值分布；和其他结构比对算法相比，该算法比CTSS的搜索结果要好。

关键词: 蛋白质结构比对, 广义极值分布, 二面角序列, 动态时间规整, p-value

Abstract: Protein structure comparison is very important to protein function and evolution.This paper proposes a novel algorithm based on dihedral angle.It uses dynamic time warping to align angle series.After fitting the distribution of aligned score，it uses p-value to evaluate the result of alignment.The results reported here show that （1）The aligned score is a good similarity measure in analysis of the protein.（2）Aligned score is following the generalized extreme value distribution with parameters μ=94.769 7，σ=41.583 7，ξ=0.192 5.（3）Compared with other algorithm of structure alignment，the algorithm performs better than CTSS.

Key words: protein structure comparison, generalized extreme value distribution, dihedral angle series, dynamic time warping, p-value

中图分类号:

O236

高建召，胡刚，王奎，崔家峰. 利用蛋白质的二面角序列对蛋白质结构比对[J]. 计算机工程与应用, 2009, 45(32): 5-8.

GAO Jian-zhao，HU Gang，WANG Kui，CUI Jia-feng. Using dihedral angle series of protein for protein structure comparison[J]. Computer Engineering and Applications, 2009, 45(32): 5-8.

[1]	王见，毛黎明，尹爱军. 结合形状特征及其上下文的多维DTW[J]. 计算机工程与应用, 2020, 56(22): 42-47.
[2]	范纯龙，崔宇斌，滕一平. 基于自适应搜索窗口的序列相似比对算法[J]. 计算机工程与应用, 2019, 55(2): 54-59.
[3]	王浩，夏利民. 基于堆叠深度卷积沙漏网络的步态识别[J]. 计算机工程与应用, 2019, 55(14): 127-133.
[4]	谢小雨1，刘喆颉1，2. 基于DTW算法的肌电信号手势识别方法[J]. 计算机工程与应用, 2018, 54(5): 132-137.
[5]	苗敏敏，周治平. 手势认证中基于能量熵的端点检测方法研究[J]. 计算机工程与应用, 2016, 52(4): 205-210.
[6]	李鸿利，单征，郭浩然. 基于MDTW的飞行动作识别算法[J]. 计算机工程与应用, 2015, 51(9): 267-270.
[7]	刘阳，尚赵伟. 基于Kinect骨架信息的交通警察手势识别[J]. 计算机工程与应用, 2015, 51(3): 157-161.
[8]	陈玲，杨天奇. 基于质心和轮廓关键点的步态识别[J]. 计算机工程与应用, 2015, 51(19): 173-177.
[9]	涂辉1，刘丽1，2，张正金1. 改进DTW算法的心电信号相似性度量[J]. 计算机工程与应用, 2015, 51(16): 215-218.
[10]	王杰锋，周治平，苗敏敏. 移动终端手势识别中DTW匹配算法研究[J]. 计算机工程与应用, 2015, 51(13): 197-201.
[11]	马宁，陈晓冬，李亚楠，尹青云，汪毅，郁道银. 内窥镜自动定位语音识别系统[J]. 计算机工程与应用, 2014, 50(8): 207-210.
[12]	翟素兰，查到丽. 基于视觉与结构谱特征融合的视频检索[J]. 计算机工程与应用, 2012, 48(32): 176-180.
[13]	高文曦，于凤芹. 基于局部线性嵌入算法的汉语数字语音识别[J]. 计算机工程与应用, 2012, 48(31): 105-107.
[14]	卢国祥. 利用Alignment空间理论分析蛋白质的结构[J]. 计算机工程与应用, 2011, 47(23): 54-56.
[15]	印勇¹，王建东²，金宪刚¹. 近似周期运动的人体异常行为识别[J]. 计算机工程与应用, 2010, 46(26): 158-161.

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Using dihedral angle series of protein for protein structure comparison

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