最小自由能约束的DNA编码设计研究

doi:10.3778/j.issn.1002-8331.2010.12.007

计算机工程与应用 ›› 2010, Vol. 46 ›› Issue (12): 25-27.DOI: 10.3778/j.issn.1002-8331.2010.12.007

最小自由能约束的DNA编码设计研究

殷脂^1，2，叶春明¹，温蜜²

1.上海理工大学管理学院，上海 200093
2.上海电力学院计算机信息工程学院，上海 200090

收稿日期:2010-01-13 修回日期:2010-03-01 出版日期:2010-04-21 发布日期:2010-04-21
通讯作者: 殷脂

Research on DNA encoding design constraint by minimal free energy

YIN Zhi^1，2，YE Chun-ming¹，WEN Mi²

1.Business School，University of Shanghai for Science and Technology，Shanghai 200093，China
2.Department of Computer and Information Engineering，Shanghai University of Electric Power，Shanghai 200090，China

Received:2010-01-13 Revised:2010-03-01 Online:2010-04-21 Published:2010-04-21
Contact: YIN Zhi

摘要/Abstract

摘要： 首先介绍了DNA编码设计中自由能约束的重要性，以及自由能约束的计算公式，进而采用一种改进的蚁群优化算法来求解。仿真实验表明此算法产生一组能满足特定自由能约束和统一的解链温度约束的DNA序列，算法利用蚁群算法的并行性提高了编码设计算法的效率，利用最小自由能约束产生更稳定的DNA序列。

Abstract: This paper firstly introduces the importance of free energy based constraint in DNA sequence design and the formulas for calculating free energy，then adopts an improved Ant Colony Optimization（ACO） algorithm to solve sequence encoding problem.Emulation exercise shows that this method can generate a group of DNA sequences which satisfies free energy constraint and certain range of melt temperature.This method improves efficiency of DNA sequence design by leveraging concurrent executing of ACO，and generates more stable DNA sequence.

中图分类号:

TP301

殷脂^1，2，叶春明¹，温蜜². 最小自由能约束的DNA编码设计研究[J]. 计算机工程与应用, 2010, 46(12): 25-27.

YIN Zhi^1，2，YE Chun-ming¹，WEN Mi². Research on DNA encoding design constraint by minimal free energy[J]. Computer Engineering and Applications, 2010, 46(12): 25-27.

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Research on DNA encoding design constraint by minimal free energy

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