基于Agent和FSM的细胞信号转导网络仿真

doi:：10.3778/j.issn.1002-8331.2011.03.065

计算机工程与应用 ›› 2011, Vol. 47 ›› Issue (3): 221-224.DOI: ：10.3778/j.issn.1002-8331.2011.03.065

基于Agent和FSM的细胞信号转导网络仿真

杨韬¹，邓红莉²，邵晨曦³

1.西华师范大学实验中心，四川南充 637002
2.西南科技大学计算机科学与技术学院，四川绵阳 621010
3.中国科学技术大学计算机科学技术系，合肥 230027

收稿日期:2009-05-07 修回日期:2009-06-28 出版日期:2011-01-21 发布日期:2011-01-21
通讯作者: 杨韬

Simulation of cellular signal transduction network based on Agent and FSM

YANG Tao¹，DENG Hongli²，SHAO Chenxi³

1.Laboratory Center of China West Normal University，Nanchong，Sichuan 637002，China
2.School of Computer Science and Technology，Southwest University of Science and Technology，Mianyang，Sichuan 621010，China
3.Department of Computer Science and Technology，University of Science and Technology of China，Hefei 230027，China

Received:2009-05-07 Revised:2009-06-28 Online:2011-01-21 Published:2011-01-21
Contact: YANG Tao

摘要/Abstract

摘要： 针对现有细胞信号转导网络仿真方法的不足，提出一种基于Agent和FSM的仿真方法，在宏观水平与微观水平之间构建多Agent系统，仿真复杂的细胞信号转导网络。融合了智能Agent技术和FSM模型实现分子建模，有效地模拟了信号传递的分子机制，并减少了外部通信。采用定性仿真建模分子构象，降低了组合复杂性。通过仿真实验证明了方法的有效性。

关键词: 细胞信号转导, 复杂网路, 建模与仿真, Agent技术, 有限状态机

Abstract: Motivating from the shortcomings of existed methods for cellular signal transduction network simulation，a novel method based on Agent and Finite State Machine（FSM） is proposed.With the construction of the multi-agent system between the macro level and micro level，complex cellular signal transduction network is simulated.The intelligent Agent technology and FSM model for modeling molecules is syncretized，to simulate the molecular mechanisms of signal transduction effectively，and to reduce the external communication.Besides，qualitative simulation is used to simulate molecular conformations，reducing combinatorial complexity.Finally，the results obtained from the simulation demonstrate the effectiveness of the approach.

Key words: cellular signal transduction, complex network, modeling and simulation, Agent, Finite State Machine（FSM）

中图分类号:

TP391.9

杨韬¹，邓红莉²，邵晨曦³. 基于Agent和FSM的细胞信号转导网络仿真[J]. 计算机工程与应用, 2011, 47(3): 221-224.

YANG Tao¹，DENG Hongli²，SHAO Chenxi³. Simulation of cellular signal transduction network based on Agent and FSM[J]. Computer Engineering and Applications, 2011, 47(3): 221-224.

[1]	王迪，李彩虹，郭娜，刘国名，高腾腾. 基于模糊势场法的移动机器人局部路径规划[J]. 计算机工程与应用, 2021, 57(6): 212-218.
[2]	伍旭东，唐麒，张伟，张健，魏急波，王一军. 基于扩展有限状态机的SCA符合性测试方法研究[J]. 计算机工程与应用, 2021, 57(16): 263-268.
[3]	张悟移，李建国，龚钰雯. 高层住户防抛物、坠物安全意识演化模型[J]. 计算机工程与应用, 2021, 57(1): 254-260.
[4]	郭娜，李彩虹，王迪，张宁，刘国名. 结合预测和模糊控制的移动机器人路径规划[J]. 计算机工程与应用, 2020, 56(8): 104-109.
[5]	陈可嘉，陈琳琳，陈鹏. OPM3要素对项目组合管理能力影响的SD建模与仿真[J]. 计算机工程与应用, 2019, 55(3): 258-265.
[6]	康红凯，吴礼发，洪征，庄洪林，张亚丰. 一种基于FSM的BGP-4协议模糊测试方法[J]. 计算机工程与应用, 2017, 53(6): 111-117.
[7]	彭家寅. 扰动模糊有限状态机的转移结构[J]. 计算机工程与应用, 2017, 53(16): 1-9.
[8]	李冬辉，张斌，费晓飞. 基于OSBE的属性访问控制模型[J]. 计算机工程与应用, 2015, 51(7): 84-87.
[9]	胡忠刚，娄全福，孙小迎. 格值有限状态机的一些性质[J]. 计算机工程与应用, 2015, 51(21): 70-73.
[10]	陈西选，徐珞，曲凯，冯金金. 仿真体系结构发展现状与趋势研究[J]. 计算机工程与应用, 2014, 50(9): 32-36.
[11]	尤枫，边毅，赵瑞莲. EFSM模型的字符串类型测试数据自动生成[J]. 计算机工程与应用, 2014, 50(16): 57-61.
[12]	赖世刚，李春子，贺立源. 利用本体技术实现的智能搜索与录入系统[J]. 计算机工程与应用, 2012, 48(6): 131-133.
[13]	马君亮，汪西莉，何聚厚，肖冰. 增强型Anti-Xprobe2的研究与设计[J]. 计算机工程与应用, 2012, 48(32): 1-4.
[14]	杨京开1，陈秀红2. 直觉模糊有限状态机的子系统[J]. 计算机工程与应用, 2012, 48(25): 52-56.
[15]	张明智，曹强，胡晓峰，司光亚. CTI仿真中联合运输系统的Agent模型研究[J]. 计算机工程与应用, 2011, 47(9): 214-216.

基于Agent和FSM的细胞信号转导网络仿真

Simulation of cellular signal transduction network based on Agent and FSM

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics