双链DNA解链温度的最小二乘支持向量机预测方法

doi:10.3778/j.issn.1002-8331.2009.05.017

计算机工程与应用 ›› 2009, Vol. 45 ›› Issue (5): 55-58.DOI: 10.3778/j.issn.1002-8331.2009.05.017

双链DNA解链温度的最小二乘支持向量机预测方法

李金松,张强,周士华

大连大学辽宁省智能信息处理重点实验室，辽宁大连　116622

收稿日期:2008-01-14 修回日期:2008-08-29 出版日期:2009-02-11 发布日期:2009-02-11
通讯作者: 李金松

Prediction of melting temperature of DNA duplex by least squares support vector machine

LI Jin-song,ZHANG Qiang,ZHOU Shi-hua

Liaoning Key Lab of Intelligent Information Processing，Dalian University，Dalian，Liaoning 116622，China

Received:2008-01-14 Revised:2008-08-29 Online:2009-02-11 Published:2009-02-11
Contact: LI Jin-song

摘要/Abstract

摘要： 在DNA计算中，为了确保计算结果的精度和可靠性，要求每个进行编码的DNA分子具有相同或者近似的热力学性质，解链温度T_m是评价DNA分子的热力学稳定性的一个重要的参数。以DNA序列的邻近法参数为基础，应用最小二乘支持向量机（LSSVM）的方法对解链温度进行预测。结果表明，DNA序列的解链温度误差可以达到±5 ℃的范围。

关键词: 邻近法模型, 解链温度, 最小二乘法支持向量机（LSSVM）, DNA计算

Abstract: In DNA computing，one requirement of the encoding DNA sequences is that they should keep similar thermodynamic stability in order to maintain the reliability of the computing process.Melting temperature is an important parameter used to evaluate the thermodynamic stability of DNA sequences.In this paper，the least squares support vector machine（LSSVM） is used to predict the melting temperature based on the Nearest-Neighbor（NN） mode and the precision of the prediction result is in ±5 ℃ error band.

Key words: Nearest-Neighbor（NN） mode, melting temperature, Least Squares Support Vector Machine（LSSVM）, DNA computing

李金松,张强,周士华. 双链DNA解链温度的最小二乘支持向量机预测方法[J]. 计算机工程与应用, 2009, 45(5): 55-58.

LI Jin-song,ZHANG Qiang,ZHOU Shi-hua. Prediction of melting temperature of DNA duplex by least squares support vector machine[J]. Computer Engineering and Applications, 2009, 45(5): 55-58.

[1]	谭莉1，应石2. 多目标优化机制下DNA编码序列模型[J]. 计算机工程与应用, 2016, 52(15): 34-37.
[2]	孙守霞1，刘伟2，郭迎3，孟大志4. DNA计算机算术运算的自装配模型（III）—减法[J]. 计算机工程与应用, 2012, 48(32): 39-42.
[3]	臧文科1，夏瑞芳2，刘希玉1. MSC问题的一类表面DNA解法[J]. 计算机工程与应用, 2012, 48(22): 14-17.
[4]	张勋才，郗方. 微流控DNA计算的研究进展及展望[J]. 计算机工程与应用, 2011, 47(32): 37-41.
[5]	朱越. 基于DNA的连续优化算法[J]. 计算机工程与应用, 2011, 47(22): 48-52.
[6]	栗青生¹，杨玉星¹，马季兰². 基于粘贴模型的两类全排问题的DNA算法[J]. 计算机工程与应用, 2010, 46(4): 46-48.
[7]	刘伟¹，郭迎²，孟大志³. DNA计算机算术运算的自装配模型（I）—加法[J]. 计算机工程与应用, 2010, 46(20): 157-160.
[8]	刘伟¹，郭迎²，孟大志3. DNA计算机算术运算的自装配模型（II）—乘法[J]. 计算机工程与应用, 2010, 46(20): 161-163.
[9]	殷脂^1，2，叶春明¹，温蜜². 最小自由能约束的DNA编码设计研究[J]. 计算机工程与应用, 2010, 46(12): 25-27.
[10]	崔光照¹,秦利敏¹,王延峰¹,张勋才². 基于DNA技术的加密方案[J]. 计算机工程与应用, 2009, 45(8): 104-106.
[11]	羊四清^1,2,李小龙²,袁辉勇¹. 图的最小顶点覆盖问题的DNA表面计算模型[J]. 计算机工程与应用, 2009, 45(6): 69-72.
[12]	李珍,王淑栋. DNA编码限制条件与编码策略[J]. 计算机工程与应用, 2009, 45(5): 43-45.
[13]	周康^1,2,魏传佳¹,程珍²,黄玉芳²,许进². DNA计算模型的研究[J]. 计算机工程与应用, 2009, 45(18): 1-5.
[14]	郑学东¹,许进¹,徐菲². 基于特定模数集的并行DNA算术运算[J]. 计算机工程与应用, 2008, 44(6): 51-54.
[15]	王延峰¹,牛莹¹,崔光照¹,张勋才². 基于文化遗传算法的DNA编码序列设计[J]. 计算机工程与应用, 2008, 44(36): 61-65.

双链DNA解链温度的最小二乘支持向量机预测方法

Prediction of melting temperature of DNA duplex by least squares support vector machine

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics